Xung đột đạo đức là một phần không thể tránh khỏi của công việc bí mật. Cảnh sát thường được yêu cầu xây dựng tình bạn và mối quan hệ với các nghi phạm mà cuối cùng họ sẽ phản bội trong phòng xử án. Nhu cầu liên tục chuyển từ một nhân cách hình sự sang danh tính thực sự của cảnh sát cũng có thể làm rạn nứt hoặc làm căng thẳng các mối quan hệ gia đình. Bị bỏ lại một mình trong thời gian dài, các sĩ quan có thể thấy mình sẵn sàng cắt giảm các góc đạo đức - đặc biệt nếu họ thấy triển vọng công việc được cải thiện phía trước.
Mối quan hệ bị phản bội
Đối với các sĩ quan bí mật, xây dựng các vụ án có nghĩa là hình thành mối quan hệ chặt chẽ với các nghi phạm mà cuối cùng họ sẽ phản bội. Cựu đặc vụ liên bang Billy Queen đã vật lộn với những thực tế này trong cuộc điều tra kéo dài hai năm của băng đảng xe máy Mongols, "The Washington Post" đã báo cáo vào tháng 10 năm 2005. Nữ hoàng không hề ảo tưởng về bạo lực của người Mông Cổ vì bạo lực, mặc dù ông thích nhiều người trong số họ.. Sự căng thẳng của việc tung hứng những cảm xúc mâu thuẫn này cuối cùng đã buộc Nữ hoàng phải rút lui khỏi Cục Rượu, Thuốc lá, Súng và Chất nổ của Hoa Kỳ, tờ báo cho biết.
Rủi ro tham nhũng
Một trong những xung đột bí mật lâu đời nhất là phải mạo danh tội phạm mà không vượt qua giới hạn. Mạng lưới cảnh sát quốc gia Philippines Jesus Verzosa đã lên tiếng về lý do này trong việc cấm sử dụng các chất bất hợp pháp trong quá trình điều tra ma túy, mạng lưới ABS-CBN đã báo cáo vào tháng 2 năm 2009. Lệnh của cảnh sát trưởng đã báo cáo rằng 221 trong số 25.134 cảnh sát đã thử nghiệm ma túy. Một vụ bê bối tương tự làm rung chuyển khu vực Nam Brooklyn của New York, nơi bốn sĩ quan bị bắt và sáu người nữa bị đình chỉ vì thưởng cho người cung cấp thông tin về ma túy, "Thời báo New York" tuyên bố vào tháng 1 năm 2008.
Vấn đề bản sắc
Bị cô lập với gia đình và bạn bè, các sĩ quan bí mật đấu tranh để cân bằng danh tính thực và giả của họ. Công việc của Nữ hoàng chống lại người Mông Cổ buộc phải di dời vợ cũ và hai con trai, người không biết chuyện gì đang xảy ra, "Washington Post" lưu ý. Các sĩ quan Anh cũng bị buộc tội buôn bán tình dục để lấy thông tin. Một tòa án đã viện dẫn những lo ngại này trong việc lật ngược lại lời kết tội giết người của Colin Stagg, "Người bảo vệ" đã báo cáo vào tháng 1 năm 2011. Phán quyết theo sau các báo cáo rằng một nữ cảnh sát bí mật đã khởi xướng mối quan hệ với Stagg để nhận tội.
Mất toàn vẹn
Mặc dù có những rủi ro và căng thẳng, công việc bí mật vẫn là một đề xuất hấp dẫn cho các thám tử và cảnh sát tìm kiếm một sự nghiệp lâu dài. Đi bí mật ở thành phố New York có thể đảm bảo một chương trình khuyến mãi thám tử trong 18 tháng, thay vì ba đến năm năm, "Thời báo New York". Những quy trình như vậy cũng có thể gây ra tâm lý khó chịu có thể gây tổn hại đến uy tín của một cơ quan. Vào năm 2003, chẳng hạn, 30 nhân viên ma tuý đã bị chuyển ra khỏi Brooklyn South vì bị cáo buộc đã kiếm được 30.000 đô la tiền làm thêm từ bộ phận này, "New York Times" đưa tin.
