Ngày nay, những người tìm cách vận chuyển hàng hóa (hoặc di chuyển người) có khả năng nhận ra rằng không phải lúc nào cũng có ý nghĩa khi chỉ tuân theo một phương thức vận chuyển. Ví dụ, hàng hóa có thể được giảm tải từ một con tàu lên một chiếc xe tải, vận chuyển nó đến một tờ báo lại, từ đó nó sẽ được chuyển qua đất nước bằng tàu hỏa. Vận tải đa phương thức có thể hiệu quả hơn và rẻ hơn; tuy nhiên, trong một số trường hợp, nó có những nhược điểm rõ rệt về tốc độ và độ tin cậy.
Tốc độ
Mặc dù vận chuyển đa phương thức mang lại lợi ích của chi phí tương đối thấp so với các phương pháp khác, nhưng nó có được điều này bằng cách hy sinh tốc độ; bất cứ khi nào hàng hóa được chuyển đến một phương tiện di chuyển tương đối chậm hơn, ví dụ như tàu hỏa, hoạt động trên đường ray cố định có thể không cung cấp tuyến đường trực tiếp như những con đường mà xe tải sử dụng, nó sẽ chậm lại. Để hoạt động với hiệu suất cao nhất, vận chuyển đa phương thức cũng phải giảm lượng thời gian chờ đợi trong kho để một hãng vận chuyển mới đến hoặc để hàng hóa được dỡ xuống.
Thiếu độ tin cậy
Do phụ thuộc vào nhiều hơn một phương thức vận chuyển, vận tải đa phương thức cũng có độ tin cậy tổng thể thấp hơn; khi chuỗi các chế độ khác nhau phát triển, khả năng bất kỳ liên kết nào trong chuỗi bị phá vỡ cũng tăng lên. Điều này đặc biệt có vấn đề khi một trong những phương thức vận tải là đường sắt; đường sắt dễ bị chậm trễ do thời tiết xấu hoặc thiết bị hỏng. Vì lý do này, cũng như những lo ngại về tốc độ, các chủ hàng yêu cầu vận chuyển tốc độ cao, đáng tin cậy ít có khả năng xem xét các hệ thống đa phương.
Hư hại
Bất cứ khi nào hàng hóa phải được xáo trộn xung quanh, các chủ hàng có nguy cơ thiệt hại vì hàng hóa được chuyển từ phương thức vận chuyển này sang phương thức khác. May mắn thay, mối nguy hiểm này có thể được giảm thiểu, nhưng làm như vậy thường liên quan đến việc đóng gói quá mức bằng cách thêm nhiều thanh giằng và vật liệu bảo vệ hơn bình thường sẽ được coi là đủ. Trọng lượng và chi phí tăng thêm này phần nào chống lại những lợi thế của vận tải đa phương thức về hiệu quả năng lượng và chi phí.
Chi phí cơ sở hạ tầng cao
Vận tải hàng hóa đa phương cũng phải chịu chi phí cơ sở hạ tầng tương đối cao. Containerization đã giảm chi phí và khó khăn trong việc vận chuyển hàng hóa bằng cách tiêu chuẩn hóa hình thức của chúng; chủ hàng có thể dễ dàng di chuyển cùng một container từ tàu sang tàu sang xe tải. Tuy nhiên, việc xử lý các container này đòi hỏi các chủ hàng phải có cần cẩu hạng nặng và thiết bị cần thiết để thao tác các container lớn; cơ sở hạ tầng này có thể không tồn tại ở tất cả các nơi, đặc biệt là ở các nước đang phát triển.
