Quy trình kiểm toán cho một hệ thống kế toán trên máy vi tính bao gồm năm bước chính: tiến hành đánh giá ban đầu (lập kế hoạch kiểm toán); xem xét và đánh giá kiểm soát nội bộ; kiểm tra tuân thủ (kiểm tra kiểm soát nội bộ); kiểm tra nội dung (kiểm tra dữ liệu chi tiết); và báo cáo (kết luận và phát hiện). (Các) kiểm toán viên cần đạt được sự hiểu biết với khách hàng về phạm vi và giới hạn của kiểm toán ngay từ đầu. Điều này sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho việc hoàn thành các mục tiêu kiểm toán một cách hiệu quả và hiệu quả.
Tiến hành khảo sát sơ bộ thực thể. Đây là công việc sơ bộ để lên kế hoạch kiểm toán nên được tiến hành như thế nào. Kiểm toán viên thu thập thông tin về hệ thống kế toán trên máy vi tính có liên quan đến kế hoạch kiểm toán, bao gồm: hiểu biết sơ bộ về cách tổ chức các chức năng kế toán trên máy vi tính; nhận dạng phần cứng và phần mềm máy tính được sử dụng bởi đơn vị; hiểu biết sơ bộ về từng ứng dụng kế toán quan trọng được xử lý bằng máy tính; và xác định kế hoạch thực hiện các ứng dụng mới hoặc sửa đổi đối với các ứng dụng hiện có và các biện pháp kiểm soát áp dụng.
Đạt được và tài liệu một sự hiểu biết về kiểm soát nội bộ. Có hai loại điều khiển: chung và ứng dụng. Các điều khiển chung là những điều khiển bao trùm tổ chức, quản lý và xử lý trong môi trường máy tính nhưng không bị ràng buộc với các ứng dụng cụ thể. Chúng nên được kiểm tra trước khi kiểm soát ứng dụng bởi vì nếu chúng bị phát hiện là không hiệu quả, kiểm toán viên sẽ không thể dựa vào kiểm soát ứng dụng. Kiểm soát chung bao gồm những việc như phân chia nhiệm vụ thích hợp, kế hoạch thảm họa, sao lưu tệp, sử dụng nhãn, kiểm soát truy cập, quy trình để nhận và thực hiện các chương trình và thiết bị mới, v.v. Chúng bao gồm các điều khiển đầu vào, điều khiển xử lý và điều khiển đầu ra và phải đảm bảo hợp lý rằng việc khởi tạo, ghi, xử lý và báo cáo dữ liệu được thực hiện đúng.
Thực hiện kiểm tra tuân thủ để xác định thời tiết các điều khiển thực sự tồn tại và hoạt động như dự định. Có ba cách tiếp cận chung để kiểm tra tuân thủ: Cách tiếp cận dữ liệu thử nghiệm, trong đó kiểm toán viên có các giao dịch thử nghiệm được xử lý thông qua hệ thống khách hàng và sau đó so sánh kết quả với kết quả được xác định trước; phương pháp tiếp cận cơ sở thử nghiệm tích hợp, trong đó các giao dịch giả được xử lý cùng với các giao dịch thực và được so sánh với các kiểm toán viên được xác định trước kết quả; và phương pháp mô phỏng song song, trong đó các giao dịch thực được xử lý thông qua hệ thống của khách hàng và cũng thông qua hệ thống song song được thiết lập bởi kiểm toán viên sử dụng cùng các chương trình và kết quả được so sánh. Kết quả của bất kỳ phương pháp thử nghiệm nào được sử dụng sẽ cho kiểm toán viên biết nếu các kiểm soát tồn tại và đang hoạt động đúng.
Thực hiện kiểm tra nội dung để xác định xem dữ liệu có thật không. Kiểm toán viên phải thu thập và đánh giá bằng chứng liên quan đến các xác nhận của ban quản lý về báo cáo tài chính. Có năm khẳng định: tính đầy đủ; quyền và nghĩa vụ; định giá hoặc phân bổ; tồn tại hoặc xảy ra; trình bày tuyên bố và tiết lộ. Kiểm toán viên sử dụng các xác nhận để phát triển các mục tiêu kiểm toán và thiết kế các thử nghiệm nội dung. Các thử nghiệm đáng kể là các thử nghiệm về giao dịch và số dư và các thủ tục phân tích được thiết kế để chứng minh các xác nhận. Kiểm toán viên phải có đủ vấn đề chứng minh có thẩm quyền để cung cấp cơ sở cho ý kiến về báo cáo tài chính được kiểm toán. Nếu đủ bằng chứng có thẩm quyền không thể có được thì một ý kiến không thể được đưa ra.
Viết báo cáo kiểm toán để hoàn thành kiểm toán. Báo cáo kiểm toán sẽ chứa một ý kiến không đủ tiêu chuẩn, một ý kiến đủ điều kiện hoặc từ chối ý kiến. Một ý kiến không đủ tiêu chuẩn có nghĩa là báo cáo tài chính được trình bày công bằng theo báo cáo tài chính được chấp nhận chung (GAAP). Một ý kiến đủ điều kiện có nghĩa là báo cáo tài chính được trình bày một cách công bằng theo GAAP ngoại trừ một số vấn đề đủ điều kiện. Từ chối ý kiến có nghĩa là kiểm toán viên không thể có đủ bằng chứng có thẩm quyền để đưa ra ý kiến. Sau khi báo cáo kiểm toán được ban hành kiểm toán hoàn tất.
