Kế toán quản trị có thể là một công cụ hiệu quả để lập kế hoạch kinh doanh, phát triển chiến lược và giám sát nội bộ. Đồng thời, có những vấn đề tiềm ẩn có thể phát sinh bằng cách chỉ dựa vào thông tin kế toán quản trị. Chỉ dựa vào kế toán quản trị có thể nguy hiểm và dẫn dắt một doanh nghiệp đi sai hướng. Người quản lý cần nhận thức được những nhược điểm của kế toán quản trị để có thể đánh giá thông tin được cung cấp một cách quan trọng. Người quản lý có thể làm điều này sẽ có thể sử dụng thông tin kế toán quản trị kết hợp với thông tin khác để đưa ra quyết định kinh doanh sáng suốt.
Thiếu tiêu chuẩn hóa
Kế toán tài chính được chuẩn hóa cao, với kế toán tài chính sử dụng các nguyên tắc như Nguyên tắc kế toán được chấp nhận chung (GAAP). Trái ngược hoàn toàn với điều này, kế toán quản trị không có một bộ quy trình chuẩn. Một kế toán quản lý có thể nghĩ ra các hệ thống và số liệu của riêng mình để đánh giá tài chính của một tổ chức. Nhược điểm của điều này là phương pháp của một kế toán viên có thể thay đổi lớn so với phương pháp của người khác. Điều này có thể dẫn đến sự không nhất quán trong cách đo lường các tiêu chuẩn và đánh giá tài chính. Nó cũng đòi hỏi kế toán viên phải hiểu biết nhiều hơn và có thể diễn giải các hệ thống kế toán được phát triển bởi những người khác.
Quá chú trọng vào thông tin định lượng
Dữ liệu định lượng có thể có giá trị trong việc đưa ra quyết định kinh doanh sáng suốt. Tuy nhiên, kế toán quản trị tập trung hoàn toàn vào các biện pháp định lượng và bỏ qua các yếu tố không thể đo lường bằng đô la và xu. Ví dụ, nó có vẻ có ý nghĩa tài chính để di dời một cơ sở sản xuất đến một khu vực có chi phí lương thấp hơn. Kế toán quản trị có thể tính toán tiết kiệm tiền lương và tăng một số chi phí có thể xảy ra (ví dụ: chi phí vận chuyển hoặc thuế nhập khẩu). Tuy nhiên, kế toán quản trị không thể là yếu tố trong những thứ như tiết kiệm liên quan đến thiện chí của các thành viên cộng đồng trong khu vực hoặc các vấn đề quan hệ công chúng có thể phát sinh từ quyết định đó. Kế toán quản trị rất hợp lý, nhưng đôi khi hoàn toàn hợp lý có thể là một bất lợi.
Chủ quan
Kế toán quản trị cho phép rất nhiều tính chủ quan khi tạo ra các số liệu và phương pháp để đo lường hiệu suất. Đây là vấn đề bởi vì niềm tin và thành kiến cá nhân của kế toán viên có thể có tác động đến cách đo lường hiệu suất. Ví dụ: nếu cần có tài khoản quản lý để đo năng suất của công nhân, cô ấy có thể chỉ tập trung vào đầu ra và không tính đến đầu vào của công nhân có thể ảnh hưởng sâu sắc đến năng suất chung. Điều này ảnh hưởng đến cả công ty và nhân viên. Công ty bị ảnh hưởng vì thông tin mà nó đang sử dụng có thể không phải là tốt nhất và nhân viên có thể bị ảnh hưởng nếu họ cảm thấy họ không được đánh giá một cách công bằng.