Nhiều doanh nghiệp sử dụng phần mềm kế toán để giúp tự động hóa các nhiệm vụ kế toán thông thường, để thiết lập các kiểm soát và tạo báo cáo tài chính. Với nhiều gói phần mềm kế toán trên thị trường, thường có một gói có thể phù hợp với hầu hết các nhu cầu của doanh nghiệp, cho dù đó là một tập đoàn lớn hay sở hữu độc quyền. Mặc dù phần mềm kế toán có thể tiết kiệm thời gian và giúp bảo toàn dữ liệu, nhưng có một số nhược điểm của việc sử dụng phần mềm kế toán.
Mất dữ liệu hoặc dịch vụ
Khi một doanh nghiệp phụ thuộc vào phần mềm kế toán, bất kỳ sự mất mát dịch vụ nào do mất điện hoặc máy tính có thể gây ra sự gián đoạn công việc. Sự gián đoạn công việc có thể ngăn chặn đầu vào của thông tin mới cũng như ngăn chặn truy cập vào thông tin được lưu trữ. Ngoài ra, nếu thông tin không được sao lưu đúng cách, việc mất máy tính có thể dẫn đến mất dữ liệu tài chính.
Thông tin không chính xác
Thông tin trong một hệ thống kế toán chỉ có giá trị như thông tin được đưa vào hệ thống. Vì hầu hết các hệ thống kế toán yêu cầu một số dữ liệu nhập thủ công, kết quả tài chính có thể không chính xác trừ khi tất cả dữ liệu đầu vào được xem xét. Nếu có xu hướng chỉ xem xét các báo cáo hoặc đầu ra cuối cùng của một hệ thống kế toán, có thể khó tìm thấy thông tin bị lỗi.
Cấu hình hệ thông
Mỗi doanh nghiệp có các khía cạnh duy nhất có thể gây ra khó khăn khi cố gắng điều chỉnh gói phần mềm kế toán chung theo nhu cầu của mình. Mặc dù tùy chỉnh có sẵn cho nhiều chương trình, nó có thể gây ra thời gian chết và thiếu chính xác nếu không được thực hiện đúng. Ngoài ra, khi một doanh nghiệp phát triển, có thể cần phải thay đổi các gói phần mềm kế toán; điều này có thể gây ra sự gián đoạn lớn, vì thông tin phải được di chuyển và đào tạo mới là cần thiết cho nhân sự.
Giá cả
Một nhược điểm của phần mềm kế toán là chi phí liên quan. Ngoài chi phí ban đầu để mua phần mềm còn có chi phí bảo trì, tùy chỉnh, đào tạo và phần cứng máy tính. Mặc dù tiết kiệm thời gian có thể biện minh cho chi phí, nhưng đối với một số doanh nghiệp có thể mất nhiều năm trước khi một khoản đầu tư phần mềm kế toán tự trả.
Gian lận
Thông tin được lưu trữ điện tử có thể được thao tác và truy cập nếu không có biện pháp kiểm soát và bảo mật thích hợp. Cần kiểm soát chặt chẽ để đảm bảo chỉ có nhân viên được ủy quyền sử dụng phần mềm kế toán và có quyền truy cập vào báo cáo. Vì dữ liệu tài chính có thể nhạy cảm và bí mật, sử dụng phần mềm kế toán sẽ tạo ra nguy cơ lừa đảo.
